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ディレクトリ構造を変更し、JavaScriptのディレクトリをスキンディレクトリから分割しました。これにより、WikiFirmを組むときにスクリプトのディレクトリを共通化できます。実際使用する上では、以下のようになると思います。

/home/[your username]
	+ /public_html - 共通のドキュメントルート
	|	+ /crossdomain.xml
	|	+ /image - 画像格納ディレクトリ
	|	+ /js - JavaScript格納ディレクトリ
	|
	+ /wiki-common - Wikiのスクリプト
	+ /wiki-data
	|	+ /contents - Wiki1のデーター
	|	+ /contents2 - Wiki2のデーター
	|
	+ /wiki-sites
		+ /contents - Wiki1のドキュメントルート
		+ /contents2 - Wiki2のドキュメントルート

また、JavaScript描画部分の多言語化も同時進行で行っています。

crossdomain.xmlは、JavaScriptを格納するドメインのトップのみに設置してください。今回はクロスドメインでFlashを使うことへの不具合の可能性を考慮してFlashのディレクトリは、スキンディレクトリのままにしました。